Seorang ajudan Presiden Republik Indonesia pertama, Mayor (L) Hussein Mutahar (29 tahun), pada tahun 1946, di Istana Gedung Agung Yogyakarta mendapat tugas dari Presiden untuk mempersiapkan Upacara Bendera Hari Ulang Tahun Pertama Kemerdekaan Republik Indonesia. Pada saat itu Bapak Hs.Mutahar, mempunyai pemikiran bahwa untuk menumbuhkan rasa persatuan bangsa, sebaiknya pengibaran Bendera Pusaka Merah Putih (bendera pertama yang dikibarkan di Pegangsaan Timur 56 sebelum Presiden Soekarno membacakan teks Proklamasi) dilakukan oleh para pemuda Indonesia yang datang dari seluruh propinsi.
Karena saat itu pusat pemerintahan Republik Indonesia terpaksa harus pindah dari Jakarta ke Yogyakarta, akibat dari aksi teror Belanda, maka tidak mungkin keinginan mendatangkan para pemuda daerah itu berwujud. Sebagai gantinya Pak Mutahar memilih 5 (lima) pemuda pelajar putra perwakilan daerah yang ada di Yogyakarta, terdiri dari 3 orang putri dan 2 orang putra (jumlah 5 = simbol Pancasila).
Regu Pengibar Bendera Pusaka (RUKIBRAKA) dibentuk kembali pada Peringatan HUT Kemerdekaan Republik Indonesia tahun 1947 dan 1948, yang bertugas di istana Gedung Agung Yogyakarta, dengan komposisi anggota perwakilan daerah yang berbeda.
Dua puluh tahun kemudian, tahun 1966, Pak Hs. Mutahar diangkat menjadi Direktur Jenderal Urusan Pemuda dan Pramuka (Dirjen UDAKA) Dep. P dan K, dan setahun sesudah itu mendapat tugas dari Presiden Soeharto untuk mempersiapkan upacara bendera pada HUT Kemerdekaan Republik Indonesia XXI di Istana Merdeka.
Kesempatan untuk mewujudkan gagasan 20 tahun yang lalu, yaitu mendatangkan pemudi/pemuda utusan propinsi terbuka lebar. Tetapi waktu untuk pemanggilan itu sangat mendesak, perlu diuji coba dulu tata cara pendidikan/latihan dan penuaian tugas utamanya. Karena itu Pak. Hs. Mutahar minta bantuan Kwartir Daerah Gerakan Pramuka Jakarta untuk menggunakan para pramuka penegak menjadi anggota Pasukan Pengerek Bendera Pusaka (PASKERAKA). Pola Pelatihannya menggunakan Latihan Pemuda "Pandu lbu Indonesia berPancasila".
Baru setelah uji coba ini dianggap berhasil, tahun 1968 mulai memanggil pemuda pelajar SMTA dari seluruh Indonesia, setiap Propinsi/Da Ist/DKI mengirim dua utusan seorang putra dan seorang putri. Hanya 23 dari 25 propinsi yang dapat mengirimkan utusannya. Pasukan yang dibentuk tahun 1968 ini dianggap sebagai Pasukan Pertama, yang terakhir mengibarkan Bendera Pusaka. Bendera Pusaka yang berusia 23 tahun (dibuat bukan dari kain yang bagus dan baru, dan dijahit oleh Ibu Fatmawati Soekarno serta pernah diselamatkan oleh Bapak Hs. Mutahar dari kemungkinan perampasan atas tentara Belanda) sudah dianggap tua untuk dikibarkan, warnanya pun sudah bukan putih dan merah lagi. Yang dikibarkan oleh PASKIBRAKA 1969 adalah duplikat Pusaka, dan Bendera Pusaka bertugas "mengiring" bendera yang akan dikibarkan dari tempat Inspektur Upacara (Presiden Republik Indonesia) ke tiang bendera 17 ini dan pula saat penurunan bendera sore hari. Mulai tahun 1974 pola latihannya sudah menggunakan Latihan "Perintis Pemuda".

Cikal bakal berdirinya organisasi alumni Paskibraka sebenarnya dimulai secara nyata di Yogyakarta. Pada tahun 1975, sejumlah alumni (Purna) Paskibraka tingkat Nasional yang ada di Yogya, berkeinginan untuk mendirikan organisasi alumni, lalu mereka menyampaikan keinginan itu kepada para pembina di Jakarta. Para pembina lalu menawarkan sebuah nama, yakni REKA PURNA PASKIBRAKA yang berarti ikatan persahabatan para alumni Paskibraka. Tapi, di Yogya nama itu kemudian digodok lagi dan akhirnya disepakati menjadi PURNA EKA PASKIBRAKA (PEP) Yogyakarta, yang artinya wadah berhimpun dan pengabdian para alumni Paskibraka. PEP DI Yogya resmi dikukuhkan pada 28 Oktober 1976. Seiring dengan itu, para alumni Paskibraka di Jakarta kemudian meneruskan gagasan pendirian organisasi REKA PURNA PASKIBRAKA (RPP). Sementara di Bandung, berdiri pula EKA PURNA PASKIBRAKA (EPP). Namun, dalam perkembangannya, ketiga organisasi itu belum pernah melakukan koordinasi secara langsung untuk membentuk semacam forum komunikasi di tingkat pusat. Sementara itu, di daerah lain belum ada keinginan untuk membentuk organisasi, karena jumlah alumninya masih sedikit — berbeda dengan Jakarta, Bandung dan Yogya yang menjadi kota tujuan para alumni Paskibraka untuk melanjutkan sekolah. Sampai awal 80-an, alumni Paskibraka di daerah lain hanya dibina melalui Bidang Binmud Kanwil Depdikbud. Mereka selalu dipanggil sebagai perangkat dalam pelaksanaan berbagai upacara dan kegiatan. Mereka dilibatkan dalam kegiatan pembinaan generasi muda, karena dianggap potensial sesuai predikatnya. 